Недостатком данной системы является её локальность и невозможность адаптировать и интегрировать под международные аналоги. Клиент чувствует себя с такой картой довольно ограничено, поскольку привязан только к банкоматам, которые принимают такие карты. Не секрет, что большинство украинских банков не сотрудничают с этой платёжной системой, поэтому обслуживание держателей карт НСМЭП просто не осуществляется. В итоге, теряется основное преимущество платёжной карты – возможность быстро и комфортно получить доступ к своему банковскому счёту.

Изначально архитектура построения НСМЭП была разработана без учета систем работы международных платежных систем. В связи с этим при нынешних технологиях для обслуживания карт НСМЭП необходима либо отдельная сеть банкоматов и терминалов, либо дополнительная установка программного обеспечения на сети АТМ и терминалов, обслуживающих карты МПС.

Наравне с достоинствами у карты НСМЭП есть свои и недостатки. Самый больший из них - карта не очень распространена, не во всех городах Украины есть банки - участники ассоциации НСМЭП, принимается (по сравнению с магнитной) в небольшом количестве торговых точек, для работы в интернете требуется кардридер. Также существенным недостатком является то, что карта НСМЭП действует только на территории Украины.